Les travaux de recherche de Jean Séguin portent sur les aspects cognitifs et émotifs de la santé mentale, tout en examinant les facteurs de risque de l’alcoolisme et de l’hypertension. Ses travaux de doctorat (Université McGill, 1995) portaient essentiellement sur les aspects neuropsychologiques de l’agression physique. Les travaux subséquents ont élargi la base conceptuelle de ses recherches pour inclure l’hyperactivité et les autres troubles extériorisés.
Une étude longitudinale débutant à la naissance lui a permis d’examiner les premières années du développement des troubles extériorisés et autres troubles de l’autorégulation chez l’enfant. Une des hypothèses importantes de ses travaux propose que les troubles extériorisés ne sont pas tant le résultat de l’apprentissage qu’un échec de l’apprentissage de l’autorégulation émotionnelle. L’autorégulation serait donc acquise en cours de développement.